MTs Al Muhajirin berdiri sejak 15 Juli 1988 hadir sebagai sekolah formal setingkat SMP dibawah naungan Kementrian Agama Republik Indonesia yang memiliki muatan kurikulum agama dan nasional yang seimbang.
Pada tahun 2019 MTs Al Muhajirin, Koja- Jakarta Utara mendapat nilai Akreditasi A dari BAN – S/M Provinsi DKI Jakarta.
www.mtsalmuhajirinkoja.sch.id
MTs Al Muhajirin Koja

MTs Al Muhajirin hadir sebagai sekolah yang berciri khas religius terus bertekad untuk menumbuhkembangkan peserta didik, sehingga diharapkan lulusannya memiliki ilmu pengetahuan yang siap bersaing dengan sekolah lainnya dan memiliki akhlakul karimah yang luhur.
Lulusan dari Madrasah Tsanawiyah bisa melanjutkan pendidikan di MAN (Madrasah Aliyah Negeri), Sekolah Menengah Atas (SMA) atau Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) baik Negeri maupun Swasta dengan kompetensi masing-masinng peserta didik.

Tujuan pendidikan di MTs Al Muhajirin adalah memberikan bekal kemampuan dasar sebagai perluasan serta peningkatan pengetahuan agama dan keterampilan yang diperoleh di SD/MI yang bermanfaat bagi siswa untuk mengembangkan kehidupannya sebagai pribadi muslim. Anggota masyarakat dan waraga negara yang sesuai dengan tingkat pengembangannya, serta mempersiapkan mereka untuk hidup bermasyarakat.
Adapun muatan kurikulum 100% agama Islam dan 100% umum, baik teori maupun praktik.