Yayasan Al Muhajirin Bahari adalah Yayasan yang bergerak dalam bidang “Sosial dan Keagamaan”.
Akte Notaris : Nomor. 107 tahun 2011 Herdimansyah Chaidirsyah, SH.
Surat Keputusan Kemenkumham : Nomor. AHU-8017 .AH.01.04 tahun 2011 tentang Pengesahan Yayasan

Azas
Yayasan ini ber-azaskan Islam dan Pancasila dan Pancasila sebagai dasar negara.

Visi Yayasan
Mewujudkan Yayasan sebagai sarana dan wahana pusat kegiatan pembinaan umat yang bertumpu pada upaya terciptanya masyarakat yang Islami, beriman, bertaqwa, cerdas, berilmu, dan sejahtera dengan mengamalkan kehidupan yang bersendikan kepada kandungan Al Qur ‘an dan Sunnah Rasulullah SAW. serta Pancasila sebagai dasar negara.

Misi Yayasan

1. Melaksanakan pembinaan iman dan ketaqwaan kepada Allah SWT. sesuai yang dicontohkan Rasulullah SAW, dengan menyediakan sarana dan prasarana peribadatan untuk muslimin dan muslimat.
2. Menyelenggarakan pendidikan berazaskan Islam secara terpadu.
3. Menyelengarakan kegiatan sosial, paguyuban serta menghimpun dan menyalurkan zakat, infaq, dan shodaqoh dan (ZIS) serta pembinaan generasi muda.
4. Pembinaan dan pengembangan bidang usaha untuk meningkatkan ekonomi dan kesejahteraan masyarakat.

Sejarah pendirian dan perkembangan Yayasan Al Muhajirin Bahari diawali serta sejajar dengan perkembangan pelabuhan utama Tanjung Priok, dimulai dari pembangunan perumahan dinas pegawai Badan Pengusahaan Pelabuhan (BPP) pada tahun 1973, hingga sekarang dikenal Komplek PELINDO II lingkungan RW.07 Kelurahan Rawa Badak Selatan, Kecamatan Koja, Jakarta Utara.

Komplek PELINDO II ini, mulanya merupakan perumahan pindahan dari dalam lingkungan Pelabuhan Tanjung Priok, karena adanya pembangunan modernisasi Pelabuhan Tanjung Priok, dimana dalam perumahan tersebut terdapat masjid yang ikut dipindahkan ke komplek perumahan ini.

Pada mulanya masjid berdiri dengan luas 144 m² (12 m x 12 m) diatas tanah milik pelabuhan seluas 1.550 m² (62 m x 25 m) yang dibangun tahun 1974, dengan nama Masjid Al Muhajirin hingga sekarang. Dimana masjid Komplek ini masuk dalam wilayah RW. 017 Kelurahan Rawa Badak, Kecamatan Koja dan selanjutnya sekarang dalam lingkungan RW. 07 Kelurahan Rawabadak Selatan Kecamatan Koja Jakarta Utara. Masyarakat lingkungan RW. 017 pada waktu itu, mulai merasakan akan kebutuhan keberadaan sekolah agama Islam (Madrasah), tahun 1976 mulai di bangun sekolah Madrasah Ibtidaiyah (MI), setingkat SD dibawah kepengurusan masjid. Jenjang pendidikan ini kurang diminati masyarakat komplek, sehingga ditutup tahun 1980. Namun pada tahun yang sama yaitu 1980, didirikan kembali Madrasah Diniyah (non formal/ khusus agama), yang terpisah dari kepengurusan Masjid.

Sejalan dengan perkembangan pendidikan agama, perkembangan masjid juga mulai meningkat, pada waktu itu, mulai dirasakan akan kebutuhan adanya paguyuban. Pada 10 Nopember 1981 itulah dibentuk Paguyuban Al Muhajirin yang bertujuan untuk meringankan jamaah dalam menghadapi musibah kematian, yang berkembang sampai sekarang.

Dengan perkembangan bidang pendidikan dan jama’ah Masjid, di samping Madrasah Diniyah yang sudah ada, pada tahun 1988, berdirilah sekolah, setingkat SMP, yaitu Madrasah Tsanawiyah. Karena sekolah tersebut merupakan pendidikan formal dan untuk mendapatkan pengakuan dari Pemerintah Cq. Kementerian Agama, harus mempunyai badan hukum, yaitu Yayasan, sehingga siswa-siswi, dapat mengikuti ujian akhir sekolah dan dapat diakreditasikan.
Selanjutnya oleh pengurusnya pada waktu itu telah diputuskan untuk membentuk Yayasan, dengan nama YAYASAN PENDIDIKAN AL MUHAJIRIN, dengan akte notaris No.68 tanggal 31 Juli 1989 dihadapan Notaris Soebagyo Rono Atmodjo,SH. Yayasan Pendidikan Al Muhajirin tersebut telah di daftarkan di Pendidikan Negeri Jakarta Utara tanggal 31 Agustus 1989 (31-8-1989) dengan Nomor 75/leg/1989.

Dengan berkembangnya sekolah/Madrasah dan Masjid, serta manfaat yang dirasakan oleh masyarakat komplek dan lingkungan dengan kebutuhan yang lebih besar, maka menuntut adanya perubahan nama Yayasan. Berdasarkan akte notaris no.32 tanggal 14 Mei 1991, di hadapan notaris Sulaimansyah, SH, telah merubah nama Yayasan Pendidikan Al Muhajirin menjadi YAYASAN AL MUHAJIRIN, yang mengelola Masjid dan Lembaga Pendidikan Islam, yang terdiri dari RA, SDIT, Madrasah Tsanawiyah dan SMA.
Yayasan telah menambah kegiatan bidang usaha, sehingga Yayasan merubah ketentuan pasal 5 anggaran dasar, dimana seluruh isi Anggaran Dasar Yayasan berdasarkan Keputusan rapat para Pendiri/Pembina Yayasan Al Muhajirin, telah dirubah dan dibuatkan akta Notaris Nomor 5 tanggal 1 April 2003, di hadapan Notaris Herdimansyah Chaidirsyah, SH.

Perkembangan selanjutnya bahwa mengingat Ketua Dewan Pembina Yayasan Al Muhajirin (Drs. H. M. Rachmat, SH.) meninggal dunia, maka diadakan rapat oleh anggota Dewan Pembina, yang menghasilkan perubahan susunan pengurus Yayasan Al Muhajirin, dan sekaligus usulan perubahan nama yayasan.
Berdasarkan hasil Musyawarah Dewan Pembina yang di tuangkan dalam Berita Acara Perubahan nama Yayasan nomor 010/DP.YAM/2/2011 tanggal 16 Pebruari 2011, nama Yayasan dirubah menjadi YAYASAN AL MUHAJIRIN BAHARI, yang di tuangkan dalam akta notaris 107 tanggal 13 April 2011.dan telah disyahkan oleh Keputusan Menteri Hukum dan Hak Azasi Manusia Republik Indonesia nomor AHU-8017.AH.01.04 Tahun 2011 tanggal 29 Nopember 2011.